Pueden ser ambos.
Las mujeres (y algunos hombres y algunos niños y niñas y muchas muñecas) usan lápiz labial. Así como las mujeres usan ropa ligeramente diferente a la de los hombres.
Aplicas (o te pones) lápiz labial al igual que te pones (o te pones) perfume o maquillaje. Aquí, aplicar significa poner una nueva capa de lápiz labial.
Vuelve a aplicar el lápiz labial cuando sea necesario. A veces (si eres como yo) aplicas un color diferente en la tarde o noche.
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DESGASTE -> ropa, pintalabios (en general), maquillaje (en general)
Pero no dices “me pongo un impermeable” porque eso no es algo que tienes en tu cuerpo todo el tiempo (o eso espero).
APLICA -> ponte una capa fresca de algo (lápiz labial, perfume, polvos faciales)
PONER -> verbo compuesto (aquí solía significar “aplicar”. Pero un padre puede decirle a su hijo “Ponte tu impermeable y botas; afuera hace frío y está lodoso”. (Eso significa, ponte o usa estos artículos para un corto período de tiempo y quítese cuando vaya / entre en el interior) .También “póngase la ropa” a un niño enérgico que se niega a usar ropa o que quiere usar algo diferente.
Espero que ayude.
PD: Gracias, Nan Waldman, por la edición de esta respuesta escrita a toda prisa. Eliminé el segundo “poner” al explicar “aplicar”.